Espaços
Capela-Mor
A Capela-Mor ocupa o primeiro tramo da nave e apresenta uma planta quadrada de 17 m de lado. A parede da abside está coberta na sua totalidade pelo retábulo-mor, realizado em 1747 e que substituiu outro anterior, seguramente do século XVI. Os seus autores foram Frei José de la Santíssima Trinidad e Frei Juan de San Félix, Irmãos trinitários do convento de Hervás. Distribui-se por três secções verticais, dois pisos e ático.
O programa iconográfico desenvolve-se em função das devoções do Bispo José Francisco Magdaleno, que foi quem subsidiou a obra. No setor da esquerda, estão representados São José e São Francisco de Paula, patronímicos do bispo. No da direita, encontramos São Pedro de Alcântara e Santa Teresa de Jesus. No setor central, está o expositor destinado ao Santíssimo Sacramento, rodeado pelos quatro evangelistas e rematado por uma alegoria da Fé triunfante. Sobre ele, encontramos o nicho central do retábulo com a Assunção da Virgem. Remata o conjunto o grupo da Quinta Dor da Virgem, sustendo Cristo morto aos pés da Cruz. Rege o escudo do doador da obra. Todas as esculturas foram realizadas no próprio ano do retábulo por Alejandro Carnicero e policromadas por Eugenio Piti.
Também se encontram na Capela-Mor os sepulcros orantes dos bispos Pedro Ximénez de Préxamo e Pedro García de Galarza. O primeiro, de tipo gótico, apresenta uma dupla arcada rematada por um arco conopial. O projeto original representava o bispo de joelhos num dos arcos e um sacrário no outro. Hoje, conserva-se apenas a escultura orante do bispo, disposta no nicho oposto ao da sua localização original. O orante representa o bispo na sua velhice, vestido para celebrar a Santa Missa e usando mitra preciosa. O conjunto é obra de Copín de Holanda, escultor dos Reis Católicos, devido à grande amizade do bispo com o Cardeal de Cisneros.
O túmulo do bispo Galarza é uma obra de pleno Renascimento. Projetado pelo arquiteto Juan Bravo e executado pelo escultor Lucas Mitata, desenvolve-se num arco de volta perfeita encimado por um frontão partido. O arco, entre duas pilastras acanaladas, acolhe a estátua orante do bispo, face a um atril ricamente decorado, sobre o qual repousa um livro e a mitra episcopal. É de assinalar a força expressiva da estátua, que contrasta com a fragilidade que transmite a do seu companheiro, a que nos referimos anteriormente. O túmulo é uma obra de 1596 e originalmente estava circundado por uma grade de que se conservou apenas um fragmento do friso em madeira.
A capela-mor abriga, além de duas estantes em forma de águia feitas nos s. XVI e o banco de autoridades, na parede do Evangelho, do século XVII. Duas luminárias de prata contemporâneas do retábulo pendem das paredes, penduradas em duas travessas de ferro forjado e douradas, feitas por Cayetano Polo e encimadas por pavões. Acompanhe as lâmpadas quatro telas de notável qualidade. Arcanjo Gabriel e Virgem e Criança (ambos de ar muito maneirista), sobre o Evangelho e Cristo Crucificado e Crucificado com São Francisco e Santa Rosa (estes dois totalmente barrocos), sobre a Epístola. A capela principal está fechada com uma grade renascentista, renovada durante o século XVIII.
Capela da Imaculada
Situada na base da torre, de planta quadrada, é uma das capelas mais antigas da catedral. Originalmente, era propriedade da família Maldonado, cujo escudo se pode apreciar na parede exterior da capela, a quem servia de panteão familiar. Já existia na catedral românica. Chegou aos nossos dias com um aspeto bastante modificado.
Nas paredes laterais encontramos dois retábulos de estuque neoplaterescos, realizados pelos irmãos Picazo em 1880. O da esquerda alberga uma escultura de São Francisco de Borja como protetor contra os terramotos (provavelmente, comprada depois do terramoto de Lisboa de 1755, que afetou a catedral) e o da direita um Sagrado Coração de Jesus, provavelmente de finais do século XI.
Capela do Beato Spínola
Ocupa o braço sul do cruzeiro, sob o chamado “Órgão chico” (Órgão pequeno). Tradicionalmente conhecida como Capela da Anunciação, mudou de orago depois da beatificação de Marcelo Spínola, em 1992. Trata-se de um exemplar de arquitetura simples, coberta com abóbada de canhão com arcos de volta perfeita, como todas as salas da ala sul do templo. Alberga dois retábulos face a face. O da direita, rococó, acolhe uma tela da Anunciação, obra de José de Mera do século XVIII. Há também um Ecce Homo, no friso inferior, entre a Virgem e São João Batista com caraterísticas flamengas, do século XVI. O retábulo da esquerda é dedicado ao Beato Spínola.
Capela de São Pedro de Alcântara
Fundação pessoal do cónego Hernando de Amusco, anterior à construção do templo novo, no qual foi integrado, está situada no muro sul do templo. Originalmente, deveria ser em estilo gótico, a julgar pelo arco ogival que se conserva como acesso e a esplêndida grade gótica de barrotes de secção quadrada que a encerra. A deterioração geral da obra durante o século XVII obrigou a reformá-la, eliminando alguns elementos, como a sua abóbada original e a sua tribuna de coro. Hoje, apresenta uma planta retangular e é composta por uma abóbada de canhão com arcos de volta perfeita.
Após estas obras, constrói-se o retábulo que chegou aos dias de hoje, obra barroca que inclui duas janelas retangulares e um óculo no ático para iluminar a capela. Consta de frisos contendo altos relevos de vários santos e apenas um nicho entre colunas salomónicas. Alberga uma imagem de São Pedro de Alcântara, obra de Bernardo Pérez de Robes (1676). Sobre o muro da direita, abre-se um pequeno arco que dá acesso a uma pequeníssima capela com um retábulo barroco bem adaptado ao espaço e no qual se inclui um calvário completo muito interessante. É presidido por um crucificado, obra de Lucas Mitata, do século XVI, acompanhado por um São João Batista e uma Santa Maria Madalena do século XVII e uma Virgem Dolorosa (de vestir) do século XVIII.
Capela das Relíquias
Situada à entrada do templo, foi durante muitos séculos o espaço predileto do Cabido que aí se reunia em diversas ocasiões. O aspeto que oferece hoje em dia deve-se a uma reforma efetuada em 1783 que a renovou inteiramente. Coberta por cúpula sobre pendículos com cartelas contendo símbolos da Paixão, está ligada à nave por um grande arco de volta perfeita envolvido por uma sumptuosa grade oitocentista. Alberga três retábulos. O maior foi concebido como um grande armário para guardar a coleção de relíquias da catedral, organizado em três secções e ático, encimado por uma imagem de São Joaquim.
Nas laterais, situam-se dois retábulos gémeos, um dos quais foi desmontado para abrir o arco mudéjar que liga a capela ao claustro. Naquele que ainda permanece, é possível observar uma imagem de São Sebastião, obra de José Salvador Carmona, de 1777, escoltado por um Santo António de Lisboa e um São Vicente Ferrer, muito mais tosco. À sua frente, no lugar do retábulo desmontado, um São Pedro de Verona (orago original da capela) ladeado por São Francisco e São Domingos de Gusmão, hoje no museu.
Coro e Retro-coro
O cadeiral do coro forma um belo conjunto de estilo gótico, realizado em duas fases. Composto por 71 cadeiras (43 altas e 28 baixas) e um banco, em madeira de nogueira. O móvel procede parcialmente da antiga catedral românica, realizado em 1498, muito pouco tempo antes de começar a obra nova. Sabemos que ocupava toda a nave central da primeira construção. A obra original corresponde ao frontal e às laterais do meio. Foi completada quando se instalou na nova construção (1514) pela mão do escultor Martín de Ayala. Em 1560, ser-lhe-á acrescentada a crestaria com estatuetas de santos, obra de Francisco Pérez.
La silla episcopal ocupa el centro del tramo frontal, escoltada por la silla del deán (que alberga la inscripción que data la obra) y la del chantre. Se decora con un Salvador de pie, sosteniendo el mundo con una mano y bendiciendo con la otra. Se cubre con un doselete de estilo gótico. El resto de sillas, tanto las antiguas como las de la ampliación de Ayala con paños geométricos mudéjares, todos diferentes. Rematan el conjunto en los extremos los sitiales destinados a los duques de Alba, señores de la ciudad, que se encuentran a la misma altura que el del obispo. En el centro del conjunto se encuentra un facistol barroco.
A cadeira episcopal ocupa o centro do tramo frontal, ladeada pela cadeira do deão (que contém a inscrição com a data da obra) e a do chantre. Está decorada por um Salvador de pé, que sustem o mundo com uma mão e com a outra dá a bênção. Cobre-a um dossel de estilo gótico. O resto das cadeiras, tanto as antigas como as da ampliação de Ayala, são em tecidos geométricos mudéjares, todos diferentes. O conjunto nas extremidades é rematado pelos lugares destinados aos duques de Alba, Senhores da cidade, que se encontram à mesma altura da cadeira episcopal. No centro do conjunto encontra-se um facistol barroco.
O muro que rodeia o coro é uma obra renascentista de Pedro de Ybarra do ano 1561, realizada durante a primeira metade do século XVI e financiada por Gaspar de Bardales. Cerca-o uma magnífica grade, realizada pelo mestre Hugo de Ras, decorada com o escudo do bispo Juan Ortega Bravo de Laguna no corpo central. Acompanhando a grade há duas mísulas decoradas com putti e com o escudo do Cabido. Originalmente, serviam como reclinatório dos duques de Alba (cujos lugares se situam atrás delas), até que no século XVIII se decidiu ocupá-las com esculturas de Moisés e David.
O muro contempla duas pequenas portas laterais alinteladas, rematadas com o escudo capitular. No retro-coro há uma tribuna para músicos, por baixo da qual se encontra um retábulo barroco com a Virgem do Rosário. Ladeiam o retábulo quatro esculturas de pedra de São Pedro, São Paulo, Santo André e Santiago Maior, em mísulas e sob dosséis. Sobre o retábulo, encontra-se o escudo do deão Bardales, que ofereceu a obra.
Sacristias
O conjunto conta com duas sacristias: a chamada de “cónegos” ou maior e a de “beneficiados” ou menor. A construção de ambas corresponde ao século XVII, um período muito difícil na história da construção do edifício, pois o Cabido teve de fazer face à finalização do conjunto, ao mesmo tempo que tratava de recuperar a obra do século XVI, que tinha muitos problemas estruturais. O resultado desta obra, que chegou até nós, demasiado modesto, é dissonante em relação à majestade do edifício; talvez devido às dificuldades do período que obrigaram a optar por soluções mais económicas.
A sacristia propriamente dita é um espaço quase quadrado, chão axadrezado em granito e lousa. Contém uma cómoda barroca que ocupa um dos lados da sala. Sobre ela, uma crestaria dourada e uma estante abriga um crucificado neoclássico do século XVIII. As paredes estão decoradas com várias telas, entre as quais podemos destacar uma Virgem do Rosário e um São Tomás de Aquino.
Órgãos
O templo possui dois órgãos monumentais, localizados em tribunas sobre o segundo tramo da nave, que corresponderia ao cruzeiro.